โรงเรียนเอื้ออำพน ได้จัดหลักสูตรของโรงเรียนขึ้นโดยอิง สาระการเรียนรู้จากกรมวิชาการ กระทรวงศึกษาธิการโรงเรียน นอกจากนั้นยังได้จัดให้มีการเรียนการสอนแบบ "Project-Based Learing การจัดการเรียนรู้แบบโครงงาน"  ซึ่งเป็นรูปแบบหนึ่งของ Child- centered Approach ที่เปิดโอกาสให้นักเรียนเรียนรู้ในหัวข้อที่สนใจ  จึงเกิดความสนุกระหว่างเรียนรู้ ได้รับประสบการณ์ชีวิตขณะที่เรียน มีผลงานเป็นรูปธรรม  เกิดทักษะที่สามารถเชื่อมโยงความรู้ในห้องเรียนกับชีวิตจริง สิ่งแวดล้อมจริงได้  และ"การจัดการเรียนรู้โดยใช้สมองเป็นฐาน(Brain based Learning : BBL)" เข้ามามีส่วนสำคัญในการจัดการเรียนการสอนอีกด้วย